通常情况下，高新技术企业代申请大致按照如下程序来进行：
1、寻求专业代理机构进行业务委托，并与其签署委托协议；
2、代理机构服务人员为企业提供指导，企业完成自我评价及申请；
3、企业按照《资料清单》准备齐全高新技术企业认定申请所需材料，并对接给代理机构专属服务人员（在此期间，企业如若遇到问题，可咨询代理人员获取专业解答）；
4、由代理服务人员全程代办企业申请高新技术企业期间的一系列认定流程，并对期间遇到的问题进行妥善解决和处理；
5、认定机构依据企业的申请材料，对企业合规性进行审查，提出认定意见；
6、认定结果公示与备案。如企业符合要求，予以认定，并代企业领取统一印制的“高新技术企业证书”，随后连同其它相关证件材料一起返还给企业。至此，高新技术企业代申请认定流程全部完成